Reactome array

En este posting proveo la publicación a la que me referí en mi posting “was too good to be true” , en este publicación se describe una novedosa tecnología capaz de establecer la función de múltiples enzimas al unísono y analizar el metabolismo de bacterias, células y otras clases de microorganismos. Muchos científicos plantean que la descripción del equipo incluye muchas reacciones químicas imposibles y una serie de inconsistencias. Por lo pronto el cuerpo editorial de Science ha publicado una nota de preocupación , algo extremadamente inusual, en la cual el editor nota que serias preocupaciones y dudas existen en torno a este artículo. Desde hace dias he buscado este artículo para incluirlo en mi blog, proveniendo esta publicación de Science, no me fué tarea fácil encontrarla libremente. Pero la noche anterior, de modo casi providencial la encontré en la internet, en solo un sitio, algo que nunca esperé que pudiera ocurrir. La incluyo por el momento como un elemento complementario al posting “was too good to be true”, ya veremos, los próximos meses serán cruciales en determinar la verdadera naturaleza de esta publicación. Por ahora solo queda esperar, hay equipos de científicos altamente calificados en Europa y en USA tratando de reproducir los mismos resultados descritos en el artículo. Como dije anteriormente,  no he leido el artículo, nada puedo opinar sobre su contenido. Incluyo el Abstracto, el artículo completo y unos materiales de soporte publicados en la internet por los autores en una fecha posterior a la acordada. Es importante enfatizar que de modo alguno pretendo decir que el artículo es un fraude o que algo impropio existe en la publicación y a este punto desconozco si legalmente me asiste el derecho de reproducir el artículo en mi blog. Mis opiniones en torno al proceso de peer review que se aplicó en esta instancia particular en la revista Science ya fueron vertidas en el posting anterior referente a este tema.

Abstract: We describe a sensitive metabolite array for genome sequence-independent functional analysis of metabolic phenotypes and networks, the reactomes, of cell populations and communities. The array includes 1676 dye-linked substrate compounds collectively representing central metabolic pathways of all forms of life. Application of cell extracts to the array leads to specific binding of enzymes to cognate substrates, transformation to products, and concomitant activation of the dye signals. Proof of principle was shown by reconstruction of the metabolic maps of model bacteria. Utility of the array for unsequenced organisms was demonstrated by reconstruction of the global metabolisms of three microbial communities derived from acidic volcanic pool, deep-sea brine lake, and hydrocarbon-polluted seawater. Enzymes of interest are captured on nanoparticles coated with cognate metabolites, sequenced, and their functions unequivocally established. 10.1126/science.1174094

Descargue el artículo original “Reactome Array: Forging a Link Between Metabolome and Genome” publicado en la revista científica Science

Descargue materiales de soporte de la publicación publicados en la internet

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“was too good to be true”

De vez en cuando, aparecen publicaciones en revistas científicas que atraen la atención de toda la comunidad científica. En esta instancia se trató de un artículo aparecido en la revista Science, en el pasado octubre, que describe una novedosa tecnología capaz de establecer la función de múltiples enzimas al unísono y analizar el metabolismo de bacterias, células y otras clases de microorganismos. Cuando un artículo es publicado en una revista peer review como Science significa que un grupo de científicos analizó críticamente el contenido de la publicación y de algún modo este artículo  reune los parámetros necesarios de publicación., tanto en contenido como en forma. Este proceso de peer review por lógica debe preceder la publicación de un artículo , este procedimiento está implementado precisamente para evitar que un artículo sin mérito suficiente, sospechoso de algún tipo de irregularidad o simplemente que no provea detalladamente la data y resultados de un modo claro sea publicado. Peer Review de algún modo ha de ser un tamiz que impida la publicación de materiales dudosos, triviales o de pobre calidad. Cuando este filtro falla, la última línea de defensa que queda para valorar el mérito de una publicación científica es la misma comunidad científica. El artículo publicado en noviembre describe un aparato o tecnología llamado reactome array que como ya les dije anteriormente establece la función de múltiples enzimas  y analiza variables de metabolismo de un modo novedoso y altamente eficaz. Desde un mismo principio la tormenta se desató, innumerables inconsistencias en el método de descripción de la tecnología han sido reportados por múltiples científicos en Estados Unidos y Europa. Estas dudas se agudizaron cuando data suplementaria que proveería información adicional no fue publicada en la internet en fecha prometida. Otros científicos cuestionan errores de concepto e inclusive cuestionan si la tecnología es válida.Otro grupo de científicos de Alemania y el Reino Unido han creado un grupo para analizar la validez de esta tecnología. Pero por encima de todo el cuerpo editorial de Science está siendo seriamente cuestionado. Acorde a ellos no hay evidencia alguna de fraude o manipulación de data en el artículo por parte del autor pero si existen “evidentes” inconsistencias y que han contactado al autor para pedir información adicional en torno a esta tecnología. Esto es lo que yo llamaría el proceso de “post peer review”, publicar y después cuestionar los méritos del artículo. Es inmensamente lamentable que una revista como Science publique materiales altamente dudosos por no aplicar apropiadamente el método de peer review.  Para mi asombro, acorde al editor de Science ningunos de los peers que analizó el papel era especialista en química orgánica sintética, el admitir esto habla bien pobre de ellos, la palabra peer implica de que los científicos que revisan la publicación deben ser especialistas en el área, ese es el punto del proceso peer review, mis colegas, especialistas en mi misma área de investigación deciden si mi publicación reune mérito sufiente para publicación. Como pueden ocurrir estas irregularidades y violaciones tan groseras del proceso de peer review en una revista tan prestigiosa como Science es para mi algo indignante. Por lo pronto Science ha publicado una elegante “nota de preocupación” en la cual el editor nota que serias preocupaciones y dudas existen en torno a este artículo, la reproduzco más abajo, no me tomo el trabajo de traducirla. Personalmente no he leido el artículo, nada puedo opinar sobre su contenido,  solo me asombra que un evento de esta naturaleza ocurra en una revista tan prestigiosa como Science .

Editorial Expression of Concern
Bruce Alberts

In the 9 October 2009 issue, Science published the Research Article “Reactome array: Forging a link between metabolome and genome” by A. Beloqui et al. (Science 326, 252-257). Science is publishing this Editorial Expression of Concern to alert our readers to the fact that serious questions have been raised about the methods and data presented in this article. The questions focus in particular on the synthesis of the dye-labeled metabolites that are central to the microarray technique. In addition, the spectroscopic data the authors cite in support of their claim were not posted to the Bangor University School of Biological Sciences Web site at the time of publication, despite the authors’ indication in the Supporting Online Material that the data would be so posted. In response to inquiries from Science, the authors have provided new descriptions of the synthetic methods that differ substantially from those in their published article. Based on our original concerns and the authors’ response, Science has requested evaluation of the original data and records by officials at the authors’ institutions: These officials have agreed to undertake this task.

Editor-in-Chief, Science, American Association for the Advancement of Science, 1200 New York Avenue NW, Washington, DC 20005, USA.