Documento de la corte de New York aboliendo las patentes sobre los genes mantenidas por la Compañía Myriad.

April 9, 2010


Sobre los últimos 20 años, compañías privadas y algunos académicos han presentado solicitudes de  patentes para más de 4300 genes humanos o sea alrededor de 20% de todos los genes en el cuerpo humano. También sabemos que dias atrás un juez en New York ha parado juridicamente esta lamentable y ridicula tendencia en un fallo de naturaleza histórica. Tecnicamente  el fallo de el juez consiste en que las patentes sobre los genes humanos BRCA1 y BRCA2 mantenidas por la compañia Myriad Genetics no son válidas debido a que los genes son productos naturales y no invención humana. Por fin se ha sentado el necesario precedente jurídico para que nunca más los genes sean patentables. He buscado el documento que provee la decisión del juez por largas horas y he sido exitoso en este empeño. Proveo el documento original en formato PDF que contiene la histórica decisión del juez. Considero que el mismo documento es de naturaleza histórica y debe ser disponible para todos los interesados en el tema. Personalmente creo que las palabras del juez fueron sencillas pero demoledoras contra los argumentos de Myriad Genetics.

 “Un gen es un gen, esté en un tubo de ensayo o en el interior de una célula humana” Juez Robert Sweet.

Lea el documento original de la decisión de la corte en formato PDF desde mi blog

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Un juez de New York dictamina que los genes humanos no son patentables.

April 8, 2010

Algún tiempo atrás,  expresé mi desacuerdo e indignación en un post con respecto a la tendencia del sistema legal de patentar genes humanos , por cierto el post en mi blog fué muy poco leido y creo que no comentado por nadie.

http://cambrico.info/2009/11/05/las-patentes-y-los-genes/

En mi artículo presenté como primer argumento la definición legal de patente:

La patente es un derecho negativo, otorgado por el Estado a un inventor o a su causahabiente (titular secundario). Este derecho permite al titular de la patente impedir que terceros hagan uso de la tecnología patentada, y por lo tanto el titular de la patente es el único que puede hacer uso de la tecnología que reivindica en la patente. La patentes no son de duración indefinida si no que caducan después de un período determinado que normalmente es de veinte años. Después de la caducidad de la patente cualquier persona puede hacer uso de la tecnología de la patente sin la necesidad del consentimiento del titular de ésta. Se considera invención toda creación humana que permita transformar la materia o la energía que existe en la naturaleza, para su aprovechamiento por el hombre y satisfacer sus necesidades concretas. Serán patentables las invenciones que sean nuevas (novedad), resultado de una actividad inventiva y susceptible de aplicación industrial. También para aplicaciones personales.Luego una patente garantiza un monopolio de explotación de la idea o de una maquinaria durante un cierto tiempo.

También expresé mi opinión personal al respecto en el post  de que un gen es un producto de la naturaleza , no una invención humana y por definición legal una entidad no patentable. Pueden leer a continuación una pequeña parte  de mis argumentos al respecto.

En ultima instancia creo que es eticamente justificable patentar una medicina producto del estudio de un gen,  pero no un gen.  El microscopio electrónico, en principio es o fué  patentable porque es una invención humana, aunque basado en el uso de electrones, un electron no puede ser patentable porque nadie inventó el electrón. Un mueble novedoso podría en potencia ser patentable no así el árbol de donde proviene la madera con la que se construyó el mueble. Creo que la misma lógica legal debe aplicar con los genes, es solo sentido común, no se necesita mucha jurisprudencia ni mucho entendimiento. Ruben Fernandez

Un juez de New York acaba de decidir que los genes no pueden ser patentables. Esta noticia la he recibido con tremenda alegria y optimismo, el sentido común y la justicia han prevalecido en el sistema judicial del país en que vivo y amo. La noticia proviene de Apuntes Científicos desde el MIT  por Pere Estupinya. Reproduzco fielmente la información proveida por este periodista.

Un juez de Nueva York acaba de tomar la desición  de invalidar las patentes genéticas relacionadas con los genes BRCA1 y BRCA2, cuyos derechos estaban en posesión de la empresa privada Myriad Genetics. El juez ha dictaminado que dichos genes “son productos de la naturaleza, no invenciones, y por tanto no pueden estar sujetos a las leyes de propiedad intelectual”. Esta decisión podría sentar un precedente y tener consecuencias importantes en el campo de la medicina, la investigación científica, y la industria biotecnológica. EL 29 de marzo, una demanda presentada en mayo del año pasado por la ACLU y la Public Patent Foundation (PUBPAT) ha prosperado y el juez Robert Sweet del distrito sur de Nueva York dictaminó que “la identificación de las secuencias del BRCA1 y BRCA2 es un hito científico de un valor incuestionable por el que Myriad merece reconocimiento, pero esto no implica que sea algo sobre lo que puedan poseer una patente”. No debemos preocuparnos demasiado por si se pierden incentivos económicos y se retrasa el proceso de extraer información significativa de nuestro ADN. Descubrir mutaciones genéticas relacionadas con la salud cada vez es más sencillo, y si no lo hacen primero compañías privadas, lo hará un poco más tarde la investigación con fondos públicos. La industria ya encontrará sus oportunidades de negocio. Pere Estupinya

El juez ha sido contundente: “La purificación de un producto natural, sin más, no puede transformarse en una patente. Y como el ADN aislado no es diferente del ADN en estado natural, no es patentable”. Pere Estupinya

Gracias a Pere Estupinya, donde quieras que estes por proveerme un buen día con tu noticia. CNN no informó nada de esto. Tu lo hiciste y te has ganado un lector más.

Apuntes Científicos desde el MIT

Fuentes: Apuntes Científicos desde el MIT   por Pere Estupinya y Cambrico.info


El río Tinto y sus extremófilos

April 7, 2010

La vida puede ser descrita en los términos más simples y profanos como un deseo ciego de seguir existiendo y propagarse. Para lograr este propósito usará todos los ardides de la evolución para adaptarse exitosamente o para cambiar el medio en que existe. Todos sabemos que los organismos unicelulares, que poseen un ritmo de reproducción mucho más rápido le es mucho más facil evolucionar y adaptarse. No constituye sorpresa alguna que sean precisamente los microorganismos los que hayan evolucionado y se hayan adaptado a los ambientes más hostiles que posee nuestro planeta. Es asombroso encontrar vida en algunas clases de ambientes tan  inhóspitos, su descubrimiento es casi una epifania de cuan resistente puede ser la vida. A esta clase de microorganismos que viven y prosperan en ambientes tan inhóspitos o extremos la ciencia les da el nombre de extremófilos. Son llamados extremófilos por existir y prosperar en ambientes tan extremos que para los demás microorganismos serían letales. Tenemos extremófilos que soportan toda clase de condiciones extremas. Entre estas condiciones extremas podemos citar: altísimas temperaturas y presiones, rangos increibles de acidez o alcalinidad,  concentraciones letales de sales, radiaciones extremas, en fin todo un amplio rango de factores que anteriormente nos haría pensar que la vida sería imposible en estos ambientes. Los organismos extremófilos normalmente suelen ser procariotas como las bacterias y arqueobacterias, pero en ocasiones también pueden ser eucariotas . Hoy hablaré de un ambiente extremo, en un río, en España, este río ha sido llamado por muchos años río Tinto. Este llamado río Tinto se encuentra en Huelva, en el sur de España, y su nombre lo debe al color rojizo de sus aguas. Lo singular del ambiente de este río se debe fundamentalmente a dos factores: a que el pH de sus aguas está alrededor de 2 (extremadamente acido) y que sus aguas poseen una alta concentración de compuestos metálicos, en especial compuestos de hierro y azufre en menor cuantía. En este ambiente tan  inhóspito se han descubierto algunos extremófilos, fundamentalmente de la clase de los acidófilos, o “amantes del ácido”. En realidad el río está repleto de formas de vida altamente inusuales , aún más existe presencia de formas de vida eucariotas , algo que no era muy esperado. Las formas de vida extremófilas presente en el río Tinto es algo inusual aún para ambientes tan hotiles debido a la inusual presencia de eucariotas , en este caso, muy importante. La teoría dominante afirma que en los ambientes extremos deben prevalecer eubacteria y arqueas. Existen en este habitat organismos fotosintéticos, especificamente algas con clorofila que realizan la fotosíntesis. En este ambiente también existen organismos autótrofos, o sea que obtienen la energía a partir de la degradación de compuestos inorgánicos, estos son organismos aeróbicos que usan el oxígeno atmosférico para oxidar compuestos de hierro y azufre obteniendo energía en este proceso químico. Existe una enorme biodiversidad en el rio Tinto, estudios revelan una enorme presencia de diferentes clases de algas verdes, hongos, diatomeas, levaduras y protistas. Este enorme nivel de biodiversidad del río Tinto no es emulado por ningún otro hábitat de la clase extrema en el planeta. Científicos españoles y equipos de la NASA estudian el Río Tinto con la intención  de entender el planeta Martes. Acorde al criterio de estos científicos si hubiera vida en el planeta Martes, esta vida “marciana” debería ser extremadamente consistente con la vida existente en el río Tinto.

“Estudios de ecología microbiana convencional y molecular han permitido identificar el papel de los microorganismos acidófilos más representativos del sistema. Aunque en el río Tinto coexisten los ciclos del azufre y del hierro, existen suficientes evidencias de que el hierro tiene un papel preponderante”, advierte. Así, Amils señala que la caracterización de bioformaciones de hierro han permitido demostrar el origen natural del hábitat: “En la actualidad se está caracterizando la diversidad eucariótica del sistema con el fin de incorporarla al modelo de funcionamiento del ecosistema”. “El interés astrobiológico del Tinto se discutirá a la luz de las propiedades del mismo, su posible relación con épocas tempranas de la historia de la vida en nuestro planeta y la posibilidad de existencia de sistemas análogos en el sistema solar”  Ricardo Amils Pibemat / Universidad Autónoma de Madrid

Las sondas que analizan la superficie de Marte han permitido obtener una nueva imagen del planeta rojo. La detección de minerales formados en ambientes húmedos cuya edad puede tener más de 3 500 millones de años, así como el descubrimiento de depósitos originados en condiciones extremas de aridez que se asemejan a las observadas en Río Tinto. Si la vida emergió alguna vez en Marte tuvo que adaptarse a estas condiciones ambientales desde unas condiciones análogas a las de la Tierra en el Arcaico. En esta charla se discutirán las líneas fundamentales de la evolución de los ambientes superficiales en Marte y el posible tipo de vida que pudo emerger adaptada a la evolución geológica del planeta rojo. David C. Fernández Remolar. Laboratorio de Extremofilia del Centro de Astrobiología (CSIC/INTA)

Fuentes: Diversas


En un lago volcánico y extremadamente hostil florece la vida.

April 6, 2010

Investigadores Argentinos han encontrado flamingos y microbios de naturaleza inusual viviendo en una laguna alcalina situada en un volcán en los Andes. Los organismos están expuestos a arsenico y a otros gases venenosos, esta clase de vida en condiciones tan extremas puede arrojar luz en torno a como la vida comenzó en nuestro planeta. La inusual resistencia de estos organismos a estas condiciones extremas también puede proveer la clave a nuevas aplicaciones científicas. En el año 2009, un equipo dirigido por María Eugenia Farías , una microbióloga del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas en Tucumán, descubrieron estromatolitos vivientes en los lagos Socompa y Tolar Grande en lo alto de los Andes. Los estromatolitos son cianobacterias que forman colonias, estos microorganismos fueron muy común 3.5 billones de años atrás. Después de este descubrimiento, los científicos en Argentina decidieron explorar los lagos y lagunas en Puna de Atacama, una meseta desértica, a una altura mayor de 4000 metros por encima del nivel del mar , en un intento por entender como la vida era en la tierra primitiva. En febrero del 2010, al explorar Laguna Diamante dentro del volcán activo Cerro Galán y por cierto una de las calderas volcánicas mas grandes del mundo, encontraron microbios y flamingos floreciendo en unas condiciones mucho más extremas que los estromatolitos anteriores. Farías dice que la laguna es hiper alcalina (pH de 11) y que contiene concentración de sales 5 veces superior a las del agua de mar. Laguna del Diamante está localizada a 4600 metros por encima del nivel del mar, o sea que cualquier forma de vida tiene que sobrevivir intensas radiaciones ultravioletas aproximadamente 40% mas intensas que en tierras bajas. Además los niveles de oxigeno son dramáticamente más bajos que a nivel del mar. El volcan es activo, y por ende existen altisimas concentraciones de gases sulfuricos lo que  hace que el ambiente sea mucho más hostil. En el lago, el equipo encontró rocas cubiertas con microorganismos que no han podido ser identificados hasta ahora. Estos microorganismos sirven de alimento a una colonia de flamingos, los cuales nunca antes habian sido vistos en condiciones tan hostiles.

El especialista en flamigos Enrique Derlindati de la Universidad de Salta explica ” Para alimentarse los flamingos filtran el agua salina, mantienen los nutrientes y desechan los fluidos, esta es una especie que se puede ajustar a vivir en diversos ambientes, pero el ambiente de Laguna del Diamante es muy extremo.”. Los investigadores determinaron que los flamingos se alimentan de los microorganimos que están disponibles. Hasta ahora los investigadores no han podido identificar los cristales rojos también encontrado en el sitio. Ellos consideran con certeza que las rocas están formadas por Carbonato de Calcio con alguna clase de mineral de color rojo. Estudios posteriores no han logrado identificar este mineral de color rojo.

Farías considera que los descubrimientos en Laguna del Diamante pueden arrojar alguna luz de como la vida inicialmente se desarrolló ” Bajos niveles de concentración de Oxigeno y altos niveles de radiación ultravioleta son ampliamente considerados características fundamentales de la tierra primitiva”. La investigadora además expresó ” Durante nuestra investigación en Puna nosotros encontramos nuevos tipos de plasmidos y biodiversidad, y nosotros estamos seguros que Laguna del Diamante arrojará nuevos descubrimientos que nos ayuden a explicar como la vida comenzó en la Tierra”

Fuente: Published online 2 April 2010 | Nature | doi:10.1038/news.2010.161

Traducción: Ruben Fernandez


Es lo mismo la Biología Computacional y la Bioinformática?

April 5, 2010

Muchos me han preguntado a lo largo de estos últimos años si existe alguna diferencia fundamental entre la Biología Computacional y la Bioinformática. Son acaso dos nombres para definir una misma disciplina científica? En definitiva ambas disciplinas  usan términos como informática y computacional y de algún modo ambas palabras implican el uso de computadoras aplicadas a la Biología. Creo que es una pregunta válida y para nada trivial. Lo primero que  trato de explicar es que el término computacional no implica necesariamente el uso de computadoras, sino que mas bien computacional implica computo, calculaciones y el uso de técnicas numéricas en el área de la biología. La bioinformática es una disciplina mucho más supeditada a los biológos, de algún modo es menos interdisciplinaria, y si usan ampliamente y sostenidamente la tecnología informática aplicada a contextos biológicos. La Biología Computacional es mucho más interdisciplinaria, o sea posee un profundo conocimiento de matemática y estadistica, programación y aún de la problemática biológica.
La Biología Computacional y  la Bioinformática son básicamente áreas de estudio interdisciplinarias en sus naturalezas, y con una estrecha relación con la Biología, pero hasta haí llega toda similitud. El propósito de este posting es mostrar las diferencias en cuanto a propósito y método de ambas disciplinas, disciplinas que tan a menudo son asumidas como similares, aún por profesionales altamente calificados .  Es importante aclarar  que estas diferencias que voy a citar provienen de mi experiencia vital de estudio y trabajo. He encontrado Biólogos que consideran esencialmente que ambas disciplinas son la misma cosa con diferentes nombres. Supongo que sus experiencias profesionales le hayan hecho arrivar a semejante y errada conclusión. Un elemento que comparten ambas disciplinas científicas, es su papel no protagónico pese a jugar papeles fundamentales en cualquier investigación biológica, los Biólogos tienden a vernos y asumirnos como accesorios extremadamente útiles , profesionales que podemos resolver un amplio rango de problemas, pero no necesariamente en pleno entendimiento de la problemática biológica. Creo que es una apreciación lamentable y que muchos de nosotros hemos sufrido en carne propia. Podemos definir a dichas áreas como sigue:

La biología computacional consiste fundamentalmente en el desarrollo de algoritmos y modelos matemáticos para facilitar el entendimiento de problemas biológicos. La biología computacional es extremadamente multidisciplinaria,  abarca esencialmente fuertes conocimientos de: Matemática,  Química y Bioquímica, Biología Molecular, Programación, Física, Estadísticas entre otras áreas del conocimiento humano.

La Bioinformática es el uso y aplicación de la tecnología de la información y ciencias de la computación al campo de la Biología Molecular. Como dije anteriormente su formación es más estrecha, menos interdisciplinaria, su formación académica básicamente está formada por un fuerte componente de programación en diferentes lenguages, desarrollo y administración de Bases de Datos, conocimientos profundos de Sistemas Operativos como UNIX y Linux , Administración de redes y por supuesto un entendimiento de la problemática biológica. Originalmente la Bioinformática fué usada en la creación y mantenimiento de Bases de Datos para guardar de modo coherente la información biológica proveniente de la llamada Revolución Genómica que originó enormes volumenes de información biológica. Eventualmente su trabajo incorporaría el desarrollo de aplicaciones basadas en internet y el desarrollo de interfases para las databases, donde los biólogos pudieran  recuperar esta información de un modo simple con el uso de la Internet y tambié añadir nueva información .

La Biología Computacional es una disciplina más teórica y mucho más basada en el uso de Matemática y Estadisticas , y creo que entiende en grado mayor los escenarios y procesos biológicos. La Bioinformática es una disciplina mucho más práctica y su propósito es el desarrollo  de soluciones informáticas de diversas clases para biólogos. Ambas disciplinas son indispensables a este punto y hacen posible muchas cosas en la Biología moderna.


Qué determina si una imagen es recordada u olvidada?

April 2, 2010

Qué determina si una imagen es recordada u olvidada? Nueva evidencia sugiere que estar presente a una tarea en primer plano puede mejorar la memoria para escenas en el transfondo en puntos importantes de conducta en el tiempo. La memoria humana para escenas visuales varía acorde a un número de factores. Entre estos factores están incluidos la novedad de la escena, su importancia en cuanto a conducta y la atención prestada por el sujeto. Comunmente las personas recuerdan los detalles del contexto en el cual reciben noticias dramaticas o impactantes, por ejemplo recordar donde estaban y que estaban haciendo cuando se enteraron que un querido amigo falleció.  Esto presenta la posibilidad que otro factor pueda afectar la memoria, aún para detalles no importantes. En este artículo se presentan los resultados de un nuevo estudio de la memoria en el cual se usó una técnica llamada “presentación visual rápida en serie” or RSVP. 

Citation: Jones R (2010) Memory Is Enhanced at Behaviorally Relevant Times. PLoS Biol 8(3): e1000338. doi:10.1371/journal.pbio.1000338

Published: March 16, 2010

Copyright: © 2010 Rachel Jones. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Competing interests: The author has declared that no competing interests exist.

* E-mail: rachel.jones.1@googlemail.com

Lea el artículo completo en formato PDF desde mi blog


Biología molecular de la célula (entrevista a Bruce Alberts)

March 26, 2010

Los seres vivos son o bien complejos e intrincadamente coordinados agregados de células o bien, como era en un principio, células individuales. Cada célula es una sociedad en miniatura. En ella los individuos son moléculas e interaccionan de acuerdo con las leyes de la física y la química, intercambiando ATP, divisa de la energía biológica. Existe una clara división del trabajo y, pese a existir en las más grandes y complicadas de ellas un núcleo –las células eucariotas- no existe tal cosa como un centro o un director. El ADN contiene las instrucciones que guían la actividad celular, pero esta larga cadena de nucleótidos es una molécula inerte. Necesita el desgarrón químico delas proteínas y ARNs que realizan la transcripción y la traducción de su mensaje para fabricar, en los ribosomas, más proteínas.
Desde que en 1953 James Watson y Francis Crick revelaran la estructura del ADN se ha producido lo que podría calificarse como una auténtica revolución científica, que ha permitido comprender mejor –y seguir profundizando en la comprensión de- cómo funcionan los organismos, si, pero también nos enseña lo fundamental sobre cómo pudieron y cómo no pudieron evolucionar…su historia. El análisis de la biología a nivel molecular y celular es imprescindible para ver lo que toda vida tiene en común, así como lo que diferencia –más allá de las apariencias- a unos organismos de otros. Permite, por tanto, establecer de manera fiable las relaciones de parentesco entre todos y cada uno de los seres vivos, a través de sus proteínas y sus ácidos nucleicos.Bruce Alberts es un bioquímico americano que, para cualquiera que haya cursado biología molecular o se haya interesado en profundidad por ella, no necesita presentación. Su libro Biología Molecular de la Célula, escrito en colaboración con otros notables científicos, entre ellos el mismo James Watson, es el libro de referencia en lo que se refiere al estudio de la célula viva.Su trabajo de investigación ha estado centrado fundamentalmente en la replicación del ADN y las proteínas asociadas. Sin embargo su interés por la educación ha ido mucho más allá de su disciplina. Desde la Presidencia del Consejo del SERP institute intenta promover mejoras en la educación científica en particular y en la educación en general que permitan que las futuras generaciones de profesionales y, en fin, de personas, sean más competentes, creativas, tolerantes y juiciosas.

Lea la entrevista completa en castellano y en formato PDF desde mi blog

En una nota personal, en mis años de Graduate School el libro Biología molecular de la célula, era el libro que se usaba en los 2 cursos de Biología Molecular para el  programa de Biología Computacional, no como texto primario pero si como libro de referencia. Excelente texto, por cierto viene con algunos problemas muy dificiles y complejos, pero repito excelente libro de texto. El libro costaba para la época como $ 100 o más y no teniamos otra opción que comprarlo.

Fuente: Desdeelexilio / Biología molecular de la célula (entrevista a Bruce Alberts)