Panspermia dirigida, la publicación original de Crick en ICARUS.

December 30, 2009

Pudiera la vida haber empezado en la Tierra como resultado de una infección por microorganismos mandados a nuestro planeta de un modo deliberado por una civilización tecnológica desde otro lugar, usando una nave espacial. Para mostrar que ésto no es tan dificil de creer nosotros podemos hacer uso del teorema de reversabilidad cósmica detallada; si nosotros somos capaces de infectar un planeta extrasolar sin vida, entonces dado que suficiente tiempo ha estado disponible, otra sociedad tecnológica muy bien pudiera haber infectado a nuestro planeta cuando estaba aún sin vida. ” Francis Crick y Leslie Orgel   ICARUS 19, 341-346 (1973)

Descargue el artículo original publicado en la revista científica ICARUS en formato PDF desde mi blog

En este posting proveo la publicación original de Francis Crick en torno a la panspermia dirigida, como uno de descubridores de la estructura del ADN tuvo serias dudas en torno que estructuras tan complejas y funcionales a nivel molecular pudieran ser consecuencias de una acumulación de casualidades fortuitas. Es importante aclarar que Crick filosóficamente se declaraba agnóstico con fuerte inclinación ateista, o sea que esta publicación no fué parte alguna de una agenda creacionista o de Diseño Inteligente. También creo que es importante hacer notar que manifestó que el creacionismo no debe tener lugar alguno en la educación pública. Para nuestra suerte esta publicación es fácil de leer, entender y de algún modo creo que posee naturaleza histórica.

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Richard Dawkins no es enemigo de ID sino de el DIOS judeo-cristiano

December 27, 2009

Expelled: No Intelligence Allowed  es una película independiente de género documental dirigida por Nathan Frankowski y conducida por Ben Stein. Este documental gira en torno al debate Evolución Darwiniana versus Diseño Inteligente y las persecuciones irracionales que han sufrido los proponentes de ID en los predios académicos. Esta semana lo pude ver, confieso que no la había visto antes porque asumí de modo automático que sería más de lo mismo, un debate estéril donde al final quedaríamos en las mismas líneas que en tiempos anteriores. El documental transcurrió en su primera parte en el modo más predecible para mí, los mismos anquilosados argumentos de siempre por ambas partes, la presentación de martirizados proponentes del diseño inteligente y las acusaciones de creacionismo a los proponentes del ID. Fueron los últimos momentos del documental los que me impactaron, realmente me impresionó, en un asombroso giro de acontecimientos Richard Dawkins acepta la posibilidad del ID como un argumento válido, el diseñador podría ser una civilización altamente avanzada producto de un proceso Darwiniano, lo que no acepta Dawkins es al DIOS judeo-cristiano o ninguna otra clase de DIOS como diseñador. Esto significa que Dawkins acepta que hay elementos de diseño inteligente pero que los diseñadores son productos de evolución Darwiniana. Elegante solución de compromiso, hay diseño pero los diseñadores son productos de un proceso clásico Darwiniano via selección natural. Buen modo de escapar a las inconsistencias del Darwinismo y aún así sostenerlo en su forma más pura en alguna civilización remota y desconocida.  Desgraciadamente solo les puedo proveer por el momento el video en lengua inglesa, muchos de mis lectores en Estados Unidos hablan perfecto inglés, otros de mis lectores en España y latinoamérica esperemos que lo puedan entender. Eventualmente espero proveer el transcript de la entrevista en lengua castellana. Creo que Dawkins no tomó la decisión personal de aceptar sus dudas, al fin y al cabo es el paladín de la evolución darwiniana en su forma más pura y un enemigo visceral de los proponentes de las ideas del diseño inteligente. Creo que este triste momento para Dawkins, se debió a la presencia de un interlocutor extremadamente inteligente como Ben Stein. Tradicionalmente Dawkins se acostumbró a enfrentar interlocutores mediocres o ignorantes del tema procedentes de los medios y a preguntas triviales que le permitían básicamente establecer un monólogo, en esta ocasión encontró a Ben Stein y de pronto el  diseño inteligente es una posibilidad más y no el accionar mental de una minoría estúpida. Me gustaría hacer notar que Ben Stein no es biólogo por formación académica sino un abogado. En una nota final,  quiero expresar mi opinión que el intento de establecer un vínculo ideológico directo entre el Darwinismo y el Nazismo por parte de Stein me pareció improcedente, desafortunado y extremadamente ofensivo. Es necesario que esta clase de argumentación irracional y agresiva  desaparezca de este debate angular en las ciencias.


“was too good to be true”

December 24, 2009

De vez en cuando, aparecen publicaciones en revistas científicas que atraen la atención de toda la comunidad científica. En esta instancia se trató de un artículo aparecido en la revista Science, en el pasado octubre, que describe una novedosa tecnología capaz de establecer la función de múltiples enzimas al unísono y analizar el metabolismo de bacterias, células y otras clases de microorganismos. Cuando un artículo es publicado en una revista peer review como Science significa que un grupo de científicos analizó críticamente el contenido de la publicación y de algún modo este artículo  reune los parámetros necesarios de publicación., tanto en contenido como en forma. Este proceso de peer review por lógica debe preceder la publicación de un artículo , este procedimiento está implementado precisamente para evitar que un artículo sin mérito suficiente, sospechoso de algún tipo de irregularidad o simplemente que no provea detalladamente la data y resultados de un modo claro sea publicado. Peer Review de algún modo ha de ser un tamiz que impida la publicación de materiales dudosos, triviales o de pobre calidad. Cuando este filtro falla, la última línea de defensa que queda para valorar el mérito de una publicación científica es la misma comunidad científica. El artículo publicado en noviembre describe un aparato o tecnología llamado reactome array que como ya les dije anteriormente establece la función de múltiples enzimas  y analiza variables de metabolismo de un modo novedoso y altamente eficaz. Desde un mismo principio la tormenta se desató, innumerables inconsistencias en el método de descripción de la tecnología han sido reportados por múltiples científicos en Estados Unidos y Europa. Estas dudas se agudizaron cuando data suplementaria que proveería información adicional no fue publicada en la internet en fecha prometida. Otros científicos cuestionan errores de concepto e inclusive cuestionan si la tecnología es válida.Otro grupo de científicos de Alemania y el Reino Unido han creado un grupo para analizar la validez de esta tecnología. Pero por encima de todo el cuerpo editorial de Science está siendo seriamente cuestionado. Acorde a ellos no hay evidencia alguna de fraude o manipulación de data en el artículo por parte del autor pero si existen “evidentes” inconsistencias y que han contactado al autor para pedir información adicional en torno a esta tecnología. Esto es lo que yo llamaría el proceso de “post peer review”, publicar y después cuestionar los méritos del artículo. Es inmensamente lamentable que una revista como Science publique materiales altamente dudosos por no aplicar apropiadamente el método de peer review.  Para mi asombro, acorde al editor de Science ningunos de los peers que analizó el papel era especialista en química orgánica sintética, el admitir esto habla bien pobre de ellos, la palabra peer implica de que los científicos que revisan la publicación deben ser especialistas en el área, ese es el punto del proceso peer review, mis colegas, especialistas en mi misma área de investigación deciden si mi publicación reune mérito sufiente para publicación. Como pueden ocurrir estas irregularidades y violaciones tan groseras del proceso de peer review en una revista tan prestigiosa como Science es para mi algo indignante. Por lo pronto Science ha publicado una elegante “nota de preocupación” en la cual el editor nota que serias preocupaciones y dudas existen en torno a este artículo, la reproduzco más abajo, no me tomo el trabajo de traducirla. Personalmente no he leido el artículo, nada puedo opinar sobre su contenido,  solo me asombra que un evento de esta naturaleza ocurra en una revista tan prestigiosa como Science .

Editorial Expression of Concern
Bruce Alberts

In the 9 October 2009 issue, Science published the Research Article “Reactome array: Forging a link between metabolome and genome” by A. Beloqui et al. (Science 326, 252-257). Science is publishing this Editorial Expression of Concern to alert our readers to the fact that serious questions have been raised about the methods and data presented in this article. The questions focus in particular on the synthesis of the dye-labeled metabolites that are central to the microarray technique. In addition, the spectroscopic data the authors cite in support of their claim were not posted to the Bangor University School of Biological Sciences Web site at the time of publication, despite the authors’ indication in the Supporting Online Material that the data would be so posted. In response to inquiries from Science, the authors have provided new descriptions of the synthetic methods that differ substantially from those in their published article. Based on our original concerns and the authors’ response, Science has requested evaluation of the original data and records by officials at the authors’ institutions: These officials have agreed to undertake this task.

Editor-in-Chief, Science, American Association for the Advancement of Science, 1200 New York Avenue NW, Washington, DC 20005, USA.


Los organismos extremófilos

December 21, 2009

Hace un tiempo , digamos que solos unas décadas atrás, existía un concenso bien arraigado en la comunidad científica que la vida solo podía existir en un número limitado de ambientes y en  condiciones muy bien definidas. Para nuestra sorpresa y desconcierto, hemos encontrado vida en prácticamente todos los sitios que hemos explorado y en ambientes que anteriormente se suponían incapacesde de sostener vida , la misma vida florece en sitios asombrosos. En este momento la comunidad científica acepta como hecho irrefutable que casi todos los ambientes considerados anteriormente como  inhabitables han sido colonizados por microorganismos perfectamente capaces de adaptarse y florecer en estos nichos ecológicos, espacios ecológicos que presentan condiciones extremas tales como enormes temperaturas, Ph extremos, ausencia total de agua, enormes presiones, etc. Estos organismos que se han adaptado a estas llamadas condiciones extremas son llamados extremófilos.Nosotros los seres humanos no somos organismos extremófilos porque vivimos en la parte considerada habitualmente capaz de sostener vida, situada entre los extremos de las variables ambientales. Por definición los extremófilos viven en las condiciones extremas de variables ambientales. Acorde a la condición extrema que “enfrentan” pueden ser nombrados en diferentes categorías: acidófilos, alcalófilos, termófilos, barófilos… así de esta manera su categorización delata claramente las condiciones de su hábitat. El descubrimiento de los extremófilos ha cambiado para siempre nuestras nociones de lo que es un ambiente habitable y ha obligado a replantear cuales son las condiciones ambientales mínimas que la vida precisa. Les quiero presentar en este posting el artículo de los PloS “Surviving Salt: How Do Extremophiles Do It?”, para mí es un artículo extremadamente interesante y enriquecedor que nos muestra los mecanismos moleculares que poseen esta clase de organismos para lidiar con las condiciones extremas de los ambientes en que viven y prevalecen. Como siempre proveo la citación de la publicación, recuerden que este papel proviene de los PLoS , o sea puede ser reproducido, usado y publicado en otros medios libremente, siempre y cuando crédito completo sea otorgado al autor. Verdadero espiritu académico que espero prevalezca a la larga en este mundo de “grants y peer review journals” .

Citation: Hoff M (2009) Surviving Salt: How Do Extremophiles Do It? PLoS Biol 7(12): e1000258. doi:10.1371/journal.pbio.1000258

Published: December 15, 2009

Copyright: © 2009 Mary Hoff. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Competing interests: The author has declared that no competing interests exist.

* E-mail: maryhoff@nasw.org

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Biomecánica indica endotermia en dinosaurios bipedales

December 20, 2009

Una de las grandes controversias no resueltas en paleobiología es si los dinosaurios fueron endotérmicos , ectotérmicos o alguna clase de combinación de estos estados y cuando alguna clase de endotermia primeramente apareció en linajes conduciente a las aves. Aunque está bien establecido que altos y sostenidos ritmos de crecimientos combinado con un alto nivel de actividad requieren un alto costo metabólico y que endotermia es requerida. Algunos estudios sugieren que dinosaurios de gran tamaño que deberían ser homeotérmicos debido solo a su inmensa talla podrían presentar problemas con pérdida de calor. Debido a esto, ectotermia pudiera haber sido una estrategia metabólica pausible para esta clase de animales. Los resultados del estudio soporta la ya aceptada noción de que la endotermia estaba ampliamente extendida entre los dinosaurios, al menos entre los grandes y no aviales dinosaurios

Citation: Pontzer H, Allen V, Hutchinson JR (2009) Biomechanics of Running Indicates Endothermy in Bipedal Dinosaurs. PLoS ONE 4(11): e7783. doi:10.1371/journal.pone.0007783

Editor: Andrew Allen Farke, Raymond M. Alf Museum of Paleontology, United States of America
Received: August 12, 2009; Accepted: October 14, 2009; Published: November 11, 2009

Copyright: © 2009 Pontzer et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: Washington University, USA supported HP for this project. The National Science Foundation, USA funded JRH from 2001–2003, which supported development of this work, as did the Department of Veterinary Basic Sciences at The Royal Veterinary College (2003–2009). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

* E-mail: hpontzer@artsci.wustl.edu

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El mea culpa del gobierno de Inglaterra

December 19, 2009

Algunos conocen que Alan Turing es uno de los padres de la criptografía moderna. Normalmente su nombre aparece asociado de modo único a esta área del conocimiento humano, en realidad su genio fué mucho más versátil y su genialidad trasciende esa área específica del conocimiento humano. Durante los años de la segunda guerra mundial fué el único hombre capaz de descifrar los códigos de la máquina enigma, eso habla mucho de él dado que los nazis consideraban esta máquina y los códigos que generaban casi indecifrables. Innumerables vidas aliadas fueron salvadas como consecuencia del trabajo de Turing. Es por esta razón que Turing es uno de los pocos científicos que es parte de la cultura popular, aparece en un sinnúmero de películas y libros, comúnmente representado como un genio impredecible, afectado en sus maneras, de naturaleza mercurial y en general reducido al común estereotipo reservado a los científicos. Alan Turing es  junto a Juan Von Newman considerado con razón uno de los padres de la informática moderna. Yo personalmente lo recuerdo por su algoritmo de la máquina universal de Turin. Es asombroso de que fuera quizás uno de los primeros sino el primer hombre en prever que en unos años la biología sería computacional y no más una ciencia descriptiva, algunos van más lejos considerandolo uno de los padres de la biología computacional. Lo que  yo desconocía es que Alan Turing era homosexual, lo cual de por si no es “big deal” para mí, pero aparentemente si constituia gran problema para otros en posiciones prominentes en la Inglaterra de los años 50 del siglo pasado. En Inglaterra existían severas leyes contra la homosexualidad , pero también en otros países existían leyes similares y normalmente estas leyes casi nunca eran enforzadas. Por razones que escapan a mi entendimiento, un héroe como Alan Turing, porque Turing sin lugar a duda tiene la rara dualidad genio-héroe fue procesado por homosexual, enfrentando unas leyes sin lugar a dudas medievales. En un giro asombroso y macabro de eventos un héroe como Alan Turing fue castrado químicamente para disminuir sus “insaciables deseos sexuales”, en mi opinión algo mostruoso y que le condujo al suicidio años después. Verguenza sobre los que tomaron esta infame decisión, creo que la genialidad de por si sola no debe proveerte un tratamiento especial, pero Turin no era solo un genio homosexual ,era un héroe reconocido que mereció un tratamiento más digno. Este año, Gordon Brown, primer ministro del Reino Unido, en un comunicado declaró sus disculpas en nombre del gobierno por el tratamiento que  Alan Turing recibió como consecuencia de su homosexualidad .  En mi opinión, muy tarde y muy conveniente esta disculpa. En muchas ocasiones me pregunto la razón por la cual no fué castrado químicamente cuando trabajaba descifrando códigos nazis . Como bien dicen los americanos “timing is everything”.

“Aunque Turing fue condenado según las leyes vigentes en la época y no podemos hacer retroceder el reloj, el tratamiento que recibió fue por supuesto absolutamente injusto. Alan y los otros miles de homosexuales que fueron condenados, lo fueron bajo leyes homofóbicas y fueron tratados de manera terrible.En nombre del gobierno británico y en el de todos los que vivimos en libertad gracias al trabajo de Alan, me siento orgulloso de decir: Lo sentimos,  merecías algo mucho mejor.”
Gordon Brown, Primer ministro del Reino Unido
10 de septiembre del 2009


Directorio CGI-bin

December 17, 2009

No pude ser lo suficientemente explicito, traté de ser simple en mi posting referente a CGI, sabía desde el principio mismo que me enfrentaba a un grupo de lectores con bajo nivel de conocimiento informático pero si extremadamente inteligentes e inquisitivos, la clase de lectores que siempre retornan con otra pregunta.No, no, los scripts de CGI no corren como aplicaciones independientes en cualquier directorio como cualquier otra clase de aplicación. No se pueden  “poner” en cualquier directorio, no eso no es posible o al menos recomendable. Recuerden que estos scripts de CGI guardan una estrecha relación con el servidor web y otras aplicaciones.Es importante hacer notar que como CGI recursos  hay archivos tipo script y también archivos compilados.Supongamos que usamos un sistemas de bases de datos como Microsoft SQL Server y un servidor de web como Microsoft IIS. Supongamos nuevamente que tenemos un script que extrae información de la base de dato , crea “on the fly” una página dinámica de html con la data  y que el servidor de web la entregue a la aplicación cliente ( básicamente un navegador de internet tal como Firefox). Como expliqué anteriormente la duda que he recibido es muy simple y consiste en qué sitio debemos poner el script para que realize su función apropiadamente, bueno el script debe ser puesto en un subdirectorio  del servidor web llamado CGI-bin,  la parte bin del nombre de este directorio alude al  hecho de que los scripts o programas van a ser ejecutados o invocados en este directorio. Es muy importante entender que este directorio va a poseer permisos especiales otorgados por el administrador del servidor que permite que los programas se ejecuten y realizen su función. Manteniendo los programas en este directorio específico CGI-bin en vez de permitir que puedan estar en múltiples sitios mantiene la seguridad del servidor, en definitiva estamos hablando de programas ejecutandose y realizando múltiples funciones. Esto es asi, hasta donde conozco personalmente con mi limitada experiencia pero no descarto que estos programas puedan ser puesto en otros sitios, y hacer referencias a ellos desde un archivo en el subdirectorio CGI-bin, uso de wrapping,  o cualquier otra clase de ardid informático que yo ignore. Por ahora solo les puedo exponer que el enfoque “clásico” es poner los archivos ejecutables de CGI en el subdirectorio CGI-bin, quizás en algunos comentarios  aparezcan soluciones muchos más sofisticadas e ingeniosas, unos cuantos de mis lectores son verdaderos expertos en informática. Para mi, la informática es un medio para alcanzar un propósito, básicamente una herramienta más en mi arsenal,  no una meta en si. Pero se muy bien, que algunos de estos lectores pueden proveer explicaciones y alternativas muy ingeniosas , asi que sigan los comentarios, si hay alguno a este posting.