Algoritmo FASTA

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El algoritmo FASTA es un método heurístico para comparación de cadenas. Fue desarrollado por Lipman y Pearson en 1985 y luego mejorado en 1988. FASTA compara una cadena de consulta con una cadena de un solo texto. Cuando buscamos en una base de datos entera coincidencias para una consulta dada, comparamos la consulta usando el algoritmo FASTA para cada cadena en la base de datos. Este algoritmo usa cuatro etapas para calcular tres puntajes que caracterizan la similitud de las secuencias. El siguiente es un resumen de estas cuatro etapas:

Etapa 1
Identificar regiones compartidas por las secuencias con la densidad más alta de identidades (ktup=1) o pares de identidades.

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