EMBOSS en Ubuntu

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emboss

EMBOSS es una suite bioinformática de tipo open source empleada fundamentalmente en biología molecular y genética. EMBOSS es un acrónimo procedente del inglés «European Molecular Biology Open Software Suite». Se trata de un software versátil que recibe datos en multitud de formatos y que los analiza de múltiples maneras. Contiene multitud de herramientas centradas en el análisis de ácidos nucleicos y proteínas. Si bien se ejecuta en la línea de comandos, existen GUIs que facilitan su manipulación bajo un entorno gráfico.

No hay un paquete compilado para Ubuntu Feisty. Si para las versiones nuevas de Ubuntu, pero este tutorial sirve para todas. Siempre está la divertida opción de compilarlo con todas las ventajas que esto trae. De todas maneras muchas veces uno no tiene tiempo para esto y prefiere hacer doble clic. En el paquete .zip que dejo para descargar, encontrará varios archivos. Para instalarlo, primero ejecutar los .deb que tienen la palabra lib (son librerías), luego los paquetes data, posteriormente los paquetes all y por último emboss.

emboss.zip

Emboss en entorno gráfico:

También existen algunas GUI’s interesantes. La que más me gusta es una basada en kaptain. Kaptain permite “embeber” scripts y ejecutar aplicaciones de consola con formularios propios de un entorno gráfico (en este caso QT).

Se puede descargar un paquete llamado “Kaptain grammar files for EMBOSS and EPHYLIP applications” que permite ejecutar las aplicaciones de EMBOSS en GUI. Esto es muy práctico. Pongo aquí la descarga de los paquetes compatibles con Feisty/Gutsy. Para poder ejecutarlos primero hay que instalar kaptain y nedit(puede ser desde synaptic o desde consola haciendo sudo apt-get install kaptain nedit.

Luego descomprimir el paquete en un directorio y listo. Al hacer doble clic en los archivos con la extensión .kaptain, tendremos las aplicaciones de EMBOSS pero con un entorno práctico.

Para mejorar la experiencia con el usuario, el paquete de Kaptain grammar contiene un instalador que permite generar un ambiente de trabajo interesante. Es necesario usar un poco la consola de linux en este paso, algo que no viene mal de vez en cuando.

Desde la consola nos vamos a posicionar en el directorio donde descomprimimos el paquete. Supongamos que hicimos esto en un directorio llamado EMBOSS en el home de nuestro usuario linux. Para ubicarnos en este directorio, desde la consola tipeamos lo siguiente:

cd /home/usuario/EMBOSS (donde usuario es el nombre de usuario que usamos para iniciar sesión en ubuntu).

Ahora vamos a iniciar el script de instalación que viene con el paquete. Para los más curiosos, pueden ver el contenido del script haciendo:

gedit install.sh (opcional)

Desde la consola, vamos a crear un directorio que usaremos después

mkdir /home/usuario/Aplicaciones_EMBOSS

Para comenzar la instalación tenemos que trabajar en modo root. El modo root permite tener acceso al sistema de programas de linux, entre otras cosas, y es lo que le da la robustez al sistema operativo. Por ejemplo, si existiera algún virus para linux, para poder infectar la máquina necesitaría tener los permisos del usuario root, algo que por defecto no tiene y por ende no hay forma de que un virus infecte la pc con linux😉. Entonces vamos a instalar:

sudo ./install.sh

Esto nos va a pedir la clave de usuario. El sistema la necesita para darle al usuario permiso de root que solo va a estar activo por un tiempo limitado breve; este tiempo nos alcanza bien para completar la instalación.

El script nos va a preguntar varias cosas. La primera es donde instalaremos nuestro sistema. Vamos a apretar ENTER para aceptar las opciones por defecto en la primera y la segunda pregunta.

Luego nos preguntará la ruta del editor que usa EMBOSS. En varios sistemas linux este editor se llama nc pero caprichosamente en Ubuntu se llama nedit. Le ponemos este nombre.

nedit

Por último nos pregunta donde queremos crear el menú del programa (especificamente para KDE). Si tenemos KDE instalado podemos darle aquí la ruta. Sino, podemos crear una que sea propiamente para las aplicaciones de EMBOSS. Recomiendo esto último.

En este paso deberías usar el directorio que creamos antes. Cada uno puede poner el que más le guste:

/home/usuario/Aplicaciones_EMBOSS

Y listo… tenemos instalado todo.

Acá más de uno va a saltar con el argumento de “En windows hago doble clic y con eso basta”… Y es cierto. En linux también se puede instalar así actualmente. Pero el objetivo de este tutorial es introducir también algunos conceptos básicos del sistema operativo y aprender algunos detalles mínimos que nos servirán para otras aplicaciones Open Source de Bioinformática.

Por Walter Elías

3 Responses to EMBOSS en Ubuntu

  1. antonio says:

    Hola Walter,

    He instalado Emboss, Kaptain y Nedit en un Debian Lenny, quiero ver el programa y si es interesante para Enseñanza Secundaria,
    en usr/bin/ aparecen embossdata y embossversion, pero no cómo lanzar la ejecución del programa? si Kaptain hace de GUI porqué lanzar /usr/bin/kaptain no muestra nada?

    un saludo y gracias
    me interesa tu opinión acerca de las aplicaciones linuxeras que se puedan utilizar en “biosecundaria”, porque veo mogollón en inglés, y eso para el aula..

    gracias de nuevo

    • Ruben Fernández says:

      http://emboss.sourceforge.net/Jemboss/

      Utiliza JEMBOSS como interface grafica para EMBOSS no Kaptain, el URL lo provee y documenta, es facil de usar.
      No soy un experto en linux pero mi opinion para secundaria usa la distribucion de Linux Ubuntu, viene en espanol tambien,excelente calidad, es la mas comoda de instalar, inclusive la puedes instalar sin particiones,y tener la opcion de correr windows o linux in the boot up. Mira si es bueno que aqui en NJ lo estamos usando en la mayoria de los lab de bioinformatica.

      Soy Ruben , no Walter

    • Ruben Fernández says:

      Antonio, instala ubuntu, sin particion, en una maquina que corra windows, primero introduces a los estudiantes a la consola, los comandos basicos y la estructura de archivos, el resto es cosa de ellos. Te recomiendo que no uses EMBOSS por ahora, usa por ahora las aplicaciones web , como blast y explicales que secuencias similares de ADN , generan sequencias similares de proteinas, y que secuencias similares de proteinas tienden a jugar funciones biologicas similares, me parece un buen modo de irlos introduciendo a la bioinformatica y minimizar tu trabajo. Usa las aplicaciones de la internet.

      Ruben Antonio

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