Revista electrónica de Biología Computacional

December 23, 2008

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PLoS de Biología Computacional: Es un jornal científico que contiene publicaciones sobre biología computacional . Este jornal es abierto y cada publicación es revisada por cientícos para garantizar que los artículos reunan los elementos propios del rigor, método y originalidad científica. Este jornal muestra trabajos de excepcional calidad que incrementa nuestro conocimiento y entendimiento de sistemas biológicos a través del uso de metodos computacionales. En todos los artículos los autores deben proveer detalles, data y software para asegurar que los lectores puedan reproducir los modelos, métodos y resultados. Este jornal es publicado y mantenido por Public Library of Science . Esta publicacion es dirigida por su editor en jefe Philip E. Bourne de la Universidad de California, San Diego.

PLoS de Biología Computacional es el jornal oficial de la Sociedad Internacional de Biología Computacional.
Incluyo los jornales de Enero , Febrero y Marzo del añ0 2008. Click en los gráficos de izquierda a derecha

Enero 2008———- Febrero 2008——-Marzo 2008


SETI en casa y corriendo en su computadora

December 21, 2008

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SETI (Search for Extraterrestrial Intelligence) es un area científica cuya meta es detectar vida inteligente fuera de nuestro planeta. El método mas común de búsqueda de actividad tecnológica en otros sitios en el cosmo consiste en la búsqueda y detección de señales con frecuencias estrechas usando radiotelescopios. Tales señales no ocurren naturalmente, de detectarse alguna seria una seria evidencia de actividad tecnologica extraterrestre. Los radiotelescopios colectan volumenes inmensos de informacion pero se necesita capacidad de procesar, analizar, detectar señales y esa actividad se realiza con computadoras y sofisticados softwares. En estos momentos el instituto SETI tiene mucho mas información colectada que analizada, es un hecho que tomaria siglos analizar la información colectada si solo se usaran las computadoras y recursos digitales del instituto. Podemos decir que el proyecto SETI basado en la busqueda de señales de radio tiene un apetito insaciable por computadoras. De esa necesidad perentoria por analisis computacional y recursos para deteccion de señales potenciales nace el proyecto seti en casa. Las computadoras de su casa pueden ser usadas en este empeño, mas del tiempo su CPU no esta haciendo nada, la idea consiste en que un programa cliente corra en su computadora analizando data recibidos desde un centro de distribución de data collectada y su posterior transmision de los resultados del analisis al instituto. La meta última es lograr una red global de participantes que provean su computadora dado que el instituto posee capacidad limitada en su poder de analisis computacional. Es la distribucion de un empeño tan crucial a modo global. Por supuesto este programa en su accionar no afecta para nada los parametros y capacidades de su ordenador a la hora que usted lo use. El software fue programado con la nocion de minimizar el consumo de recursos de su ordenador y aun mas en tiempos en que usted use su computadora este software consumiria menos recursos. En otras palabras este programa correria como una aplicacion en el background de su computadora, sin inteferir o afectar las actividades diarias de su ordenador y usted estaria contribuyendo con su CPU al analisis de informacion colectada por los radiotelescopios.El proyecto SETI tiene la esperanza de convencerlo de que su computadora puede ser integrada en la busqueda de vida extraterrestre. La arquitectura del proyecto es simple, usted download, instala y corre una aplicación cliente en su computadora, esta aplicación recibe recibe paquetes de información desde SETI, esta informacion es analizada por su computadora y los resultados van de vuelta al instituto.
Para SETI@home usted usará el program BOINC desarrollado por la universidad de Berkeley, usted puede obtenerlo facilmente si sigue las instrucciones 1 y 2 que aparecen debajo del logo del software.

Lea las políticas y normas de seti en casa

Baje, instale y corra the BOINC software usado por SETI@home. Si es preguntado , entre el URL: http://setiathome.berkeley.edu/

BOINC es un programa que le deja donar tiempo libre de su computadora para proyectos científicos tales como SETI@home, Climateprediction.net, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/, World Community Grid y otros proyectos. Despues de instalar el programa BOINC usted puede conectarse al proyecto que usted prefiera, personalmente considero el de mas uso y prioridad SETI@home.

Screenshoots del software.



Proteinas locas o priones

December 12, 2008

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Un prión es un agente infeccioso que provoca enfermedades catastróficas en su inmensa mayoría. Un prión no es una bacteria, virus, o parásito. Asombrosamente un prión es una proteina infecciosa. El prión es una proteina , generalmente con actividad enzimática, que ha perdido su estructura espacial, o sea de algun modo su estructura terciaria y quaternaria han sido afectadas de modo dramático. Regularmente pierden su estructura espacial normal y adquieren una estructura aplastada o “chata” que le impiden cumplir su función bioquímica. Verdaderos monstruos enzymaticos que juegan con reglas caprichosas.El gen que codifica por la proteina-prión puede ser encontrado en diferentes organismos, incluyendo seres humanos. Una vez que ocurre la mutación la proteina producida por la transcripción y traslación del gen , es una proteina inusual, con apariencia aplastada que es algo que impide a la proteina cumplir su funcion biologica y le proporciona la capacidad a esta proteina de deformar a proteinas similares. Una vez que un prión es adquirido, ese prión pude “sequestrar” las proteínas normales, que no son productos de mutaciones genéticas y convertirlas on otras proteinas deformadas y bioquimicamente no funcionales.Como si esto no fuera suficientemente inusual y peligroso, aparentemente los priones pueden transferirse de una especie a otra.Una enfermedad producida por un prión es, encefalopatía bovina espongiforme , conocida popularmente como la enfermedad de las vacas locas. Es una enfermedad desbastadora del cerebro, caracterizada por perdida de la memoria, tremores, y en la etapa final la pérdida de todas las funciones intelectuales. Los científicos estan convencidos que algunas de las vacas afectadas contrajeron la condicion comiendo productos contaminados por carne de ovejas. Estas ovejas estaban contaminadas por un prion que causa ota enfermedad neurologica llamada scrapie. Similarmente esta enfermedad también afecta y destruye de manera paulatina el cerebro y sus funciones superiores.Los científicos creen que el prión que causa scrapie en las ovejas, emigraron al ser consumidos a las vacas y en estas causan una enfermedad similar ,encefalopatía bovina espongiforme . El ser humano puede ser afectado por la enfermedad Cruetzfeldt-Jacob, esta ocurre por la misma razon, la infección por priones, el cuadro clínico es muy similar y su prognosis la misma.

Proteina normal a la izquierda y el prión a la derecha donde algunas estructuras helicoidales han sido aplanadas.
En los tejidos afectados por priones es común encontrar huecos microscopicos, causando que los tejidos afectados desarrollen una arquitectura esponjosa.

Software y herramientas para proteoma

December 6, 2008

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Estas son algunos softwares y utilidades que puden ser usadas en el trato de proteinas , si tiene alguna duda no dude en contactarme a raf6@njit.edu

http://ncrr.pnl.gov/software/
Dante una herramienta estadistica para proteoma
Sofware para proteoma basado en movilidad de iones

Software ProteoIQ producido por BioInquire Obtenga una version. / Obtenga ProteoIQ mirador

Proteome Discoverer Software 1.0.0: Plataforma de informacion masiva para estudios de proteinas. Excellente y flexible producto para analisis de masiva informacion masiva proteomica. Basado en los algoritmos de identificacion SEQUEST and Mascot. Excellente y amigable interface para manipular inputs, realizar operaciones paso a paso y mostrar outputs. Baja curva de aprendizaje y excellente flujo de trabajo, soporte tecnico y documentacion.
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