Algunos paquetes de software, funcionales y en desarrollo para bioinformatica

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La presentacion de estos softwares puede parecer inconsistente con el tema del blog, la razon que algunos de estos software son presentados, es que eventualmente algunos de ellos podran ser usados para obtener resultados que soporten mis ideas.
La inmensa mayoria de estos softwares , no han sido usados por mi, otros, si, espero incluir algunas evaluaciones de estos softwares en la medida que pueda usarlos. Estas evaluaciones seran presentadas en formato microsoft word y podran ser obtenidos desde mi server de ftp.

Sistemas operativos en los que corren estos softwares.

 

ABCC Genome Annotation Project (empty) (C, Perl, PHP, Unix Shell, Java)
ABE: A bioassay analysis program – ABE es un pequeno, rapido y conveniente programa para visualizar y modelar data de experimentos en bioessays. La data puede ser modelada usando polimonomios o curvas mas especificas. ( Desarrollado en Python)
ABI.pm: Chromatogram file (empty) (Perl)
AbifTake (empty) (C++)
ABIParser.py – Un modulo de Phyton que parcea archivos de ABI trace . (Desarrollado en Python)
AcE: Gene finding accuracy evaluation – Gene finding accuracy evaluation tool and test datasets. It allows a nearly complete set of evaluation statistics to be easily generated on a customisable set of test sequences. AcE has nothing to do with ACEDB. Usted puede bajar el programa ‘ace.pl’ y el software (Desarrolllado en Perl)
ALiBio: Biolibrary for C++ – Una libreria de C++ llena de algoritmos para taraeas de bioinformaticas (Desarrollado en C, C++, Perl)
Alkahest: High-throughput (empty) – Alkahest es un producto abierto para sequencias de ADN e manejo de informacion biologica ( Desarrollado en Perl y PHP)
Amino Acid Network – Aminonet herramienta toma pdb archivos como entrada desde http://www.pdb.org y calcula diferentes parametros de la red. Este programa posee un altisimo nivel de interactividad . (Desarrollado en Java)
AnnHyb: Nucleotide sequence management – AnnHyb es un software abierto para trabajar y manipular sequencias de nuecleotidos en diferentes formatos. Provee anotacion de secuencias, analisis de restriccion, busqueda de patrones y marcadores, recuperacion desde servidores. (Desarrollado en Pascal/Delphi/Kylix)
AnovArray: anova of gene expression – AnovArray is a set of SAS macros for the Analysis of Variance of Gene expression. It can be applied to the quantification of biological and technological variation and to the identification of differentially expressed genes in two or more conditions. (Other Language)
ANTHEDNA (empty) – ANTHEDNA es un paquete de herramientas de UNIX para recuperar y analizar secuencias de data biologica, especificamente ADN ribosomal (Desarrollado rn Unix Shell)
antisenseML – AntisenseML integrate sufficient information to provide fast, flexible access to the data. Moreover,XSLT transformation was made to render the antisenseML file into HTML view.Some useful tools to create update antisenseML will be released soon (Other Language, Perl, PHP)
AntPred (empty) (C++, Perl)
Array-A-Lizer: Microarray analyzer – Por favor visite http://bioinformatics.org/arrayalizer/ para ver nuestro sitio y obtener detallada descripcion del software. Este es analizador de calidad para serial ADN microarray. Archivos ejecutables y codigos fuentes estan disponibles en el sitio. (Deasrrollado en Pascal/Delphi/Kylix)
Asap: A framework for promoter analysis (Desarrollado en C, Python)
Assemble: A 3D Molecular Modeller/Viewer (Deasrrollado Java)
Asterias – Asterias es un grupo de aplicaciones web para analisis genomico y proteomico, incluye normalizacion de data y desarrollo modelos de sobrevivencia de data (Desarrollado en C++, PHP, Python)
Base Pad – Este es un editor extremadamente sofisticado para analisys de sequencias de base, esta desarrollado para el sistema operativo Windows. Busca, complementa, XNA a amino acid,aminoacido a XNA, invierte, encuentra ORF,provee estadisticas para bps,2bp palindromes (Desarrollado en C++ y Visual Basic)
BatCave – The BatCave will be an integrated database that allows end users to navigate and visualise their methylation data with ease, specifically data generated by the programme ‘Batman’ (Bayesian Tool for Methylation Analysis). (Perl, Unix Shell)
Bayallele: Genetic data analyzer – Bayallele es una aplicacion que usa inferencias estadisticas bayesianas y metodos de Monte Carlos para analizar data genetica. Este analisis es basado en obtener estimados separados de tamano de poblacion an velocidad de movimiento para los ejemplos de poblaciones ( Desarrollado en Unix Shell, Java)
BIC CHOP (empty) (Perl, PHP)
BIC-INDORE (listed) (C, Perl, Visual Basic)
Bifx Free Software Builds (empty) (C, C++, Unix Shell, TCL, Lisp)
Bio-Linux: A Linux OS distribution – Bio-Linux es una distribucion de linux basaa en Debian GNU/Linux. Provee todas las herramientas incluidas como parte del O.S para un biologo computacional. Contiene numerosos modulos biologicos y lenguajes de programacion tales como BioPerl y BioPHP.
BIO-NIX: A Linux OS distribution (empty) (Unix Shell)
Bio-Wave: Wavelet toolkit (empty) – Bio-Wave is a Wavelet based semantic pattern & relation extractor and visualizer. It can be used for sequencing, pattern recognition, curve fitting and other similar processes, especially in gene sequencing and tissue viz. problems. (Other Language)
BioBaseStation (empty) – Definicion del proyecto: Desarrollo de herramientas computacionales tales como algoritmos , software y bases de datos para la colleccion , interpretacion y diseminacion de informacion generada por el proyectos del Genoma humano. (Desarrollado en C, C++, Java, Visual Basic, Lisp)
BioBrew: Package repository – BioBrewes un paquete de fuente abierta para biologos computacionales, es un in-house proyecto de la organizacion Bioinformatics.Org.

BioBrowser (empty) – BIOBROWSER es un portal para informacion bioinformatica. Este sitio provee acceso rapido y eficiente a informacion estructurada para todos los mayores nucleotidos, secuencias de ARN, sequencias e informacion estructural de proteinas

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